Toiseksi suosituin ja usein käytetty aloitusviljelmä mesofiilisen tyypin jälkeen on termofiiliset bakteerit. Niillä on useita käyttö- ja tuotantomenetelmiä.
Toisin kuin tavallisimmat mesofiiliset fermentit, jotka lisätään maitoon, joka on lämmitetty 25-30 asteeseen, termofiiliset "sietävät" 30-40 astetta ja enemmän. Vähemmän alttius lämpötilaolosuhteille tekee jälkimmäisen tyyppisestä juustoaineosasta välttämättömän niin kutsuttujen, Italiassa erittäin suosittujen juustojen valmistuksessa kuin lajikkeiden uudelleenlämmityksessä. Näitä ovat lajikkeet "Mozzarella", "Provolone", "Romano" ja erilaiset Sveitsissä perinteisesti tuotetut lajikkeet.
Tärkeimmät bakteerikannat, joita käytetään termofiilisten aloitusaineiden valmistuksessa, ovat Streptococcus thermophilus, Lactobacillus delbrueckii ssp. Bulbaricus ja Lactobacillus helveticus. He selviävät ja ovat vuorovaikutuksessa maidon kanssa korkeintaan 65 asteen lämpötilassa. Alemmassa lämpötilassa termofiilisten aloitusviljelmien sekoittamista mesafiilisten kanssa ei ole suljettu pois.
Jos haluat valmistaa yksinkertaisen kotitekoisen juuston tai puolikovan version, kuten "Gouda", sinun ei yksinkertaisesti tarvitse termofiilisiä aloitusviljelmiä. Sama pätee lajikkeisiin, joissa on erityyppisiä homeita - valkoinen, sininen, vihreä tai punainen-oranssi. Tässä tapauksessa sinun on ostettava vain säännöllinen mesofiilinen aloitusviljelmä.